« Pas que je sache » signifie « pas à ma connaissance ». Cette expression est basée sur l’emploi du verbe « savoir » au subjonctif, un mode qui exprime de la distance ou de l’incer­titude par rapport à ce que l’on dit.

Est-il arrivé ? — Pas que je sache. 

Autrement dit, s’il est arrivé, je ne suis pas au courant¹. Si l’on répond « je ne sais pas », c’est qu’on est plus affirmatif dans l’expression de son ignorance.

« Pas que je sache » a aussi sa contrepartie positive, auquel cas on a affaire à un tout autre jeu de nuances :

Que je sache, les droits et libertés existent encore.
Il a quand même une bouche pour parler, que je sache. 

Dans les deux exemples ci-dessus, le subjonctif possède une connotation dubitative ou ironique. « Que je sache » peut même, selon le contexte, signifier « je le sais, mais parfois je me le demande ».

Le verbe « savoir » éprouve une attirance particulière pour le subjonctif. On le retrouve par exemple dans le tour suivant :

Je ne sache pas qu’elle ait dit cela. 

Je ne sais pas pour l’espagnol, mais il est rare que le français emploie ainsi le subjonctif dans une proposition principale. On sent bien ici la valeur dubitative du subjonctif. Qui plus est, ce tour ne s’emploie qu’à la forme négative (on ne dit pas « je sache qu’elle a dit cela »).

Attention cependant, « je ne sache pas que » relève d’un niveau de langue particulièrement soutenu. À tel point que cette façon de parler peut manifester de la supériorité ou de la condescendance, sauf si elle est employée entre amis. Dans ce dernier cas, l’expression se veut humoristique, le locuteur faisant semblant de se donner de grands airs.

Pour une analyse plus détaillée de cette question, je vous invite à lire cet article publié dans le site Parler français.

¹ « Être au courant » : être informé.